手術室凈化施工需要按照一定的流程來操作，按照步驟（procedure)一步步進行，才能將手術室凈化過程做的精細完美。
第一步、控制（control)氣流，手術室內含有一定的氣流，簡單的說有很多有害物質在空氣中，我們要做的是把空氣中有害的物質過濾掉。
第二步、初級凈化，在手術室這一定的空間范圍，我們要將此范圍空氣中的微粒子、有害氣體、特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛等污染物質排除（Remove)，并將室內潔凈度、壓力、溫度（temperature)、氣流速度、噪音(分貝（dB))、照明及靜電(是一種處于靜止狀態(tài)的電荷)控制（control)在手術室中。手術室凈化手術室須嚴格劃分為限制區(qū)(無菌手術間)、半限制區(qū)(污染手術間)和非限制區(qū)。三區(qū)分隔開的設計有二：一為將限制區(qū)與半限制區(qū)分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛(wèi)生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限制區(qū)和非限制區(qū)，中間由半限制區(qū)過渡，設備共用，這種設計管理較方便。
第三步、溫濕處理，由于氣流速度的關系，在一定的范圍內室內的溫度（temperature)、濕度會產(chǎn)生變化造成空氣無法流通，因此我們要使用空調系統(tǒng)使氣流流通，進而控制（control)室內的溫濕。
第四步、空氣過濾，這里我們使用的是初效過濾器(作用:過濾雜質等)進行空氣過濾。我們要將室內空氣中≥0.5μm的微粒數(shù)過濾，將空氣菌（fungus)過濾，過濾容易產(chǎn)生化學反映的一些不必要的空氣。
第五步、將過濾的空氣送出房間，這里我們使用的是 凈化管道送風，俗稱：送風管道
第六步、再次進行空氣過濾，這里我們使用高效過濾器(作用:過濾雜質等)進行過濾，讓空氣潔凈度更加適應手術室。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經(jīng)高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區(qū)域流向潔凈度低的區(qū)域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。
第七步、再次送風，我們使用高效送風口或FFU送風單元，再次將過濾后的空氣送出手術室。將潔凈氣流送入手術室。
第八步、正壓送同風。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數(shù)及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩(wěn)定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環(huán)境存在細微差別，常規(guī)的國際標準和國內區(qū)域行業(yè)標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩(wěn)定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現(xiàn)了明顯的檔次劃分。回風，空調系統(tǒng)將局部（part)環(huán)境中的風經(jīng)過凈化后再送回局部環(huán)境。百葉管道。初級過濾，再次循環(huán)（continue)。